Termin Hemoinformatika je definisao F.K. Braun 1998. godine.
Hemoinformatika je kombinovanje informacionih resursa koja pretvara podatke u informaciju, i informaciju u znanje, sa namerom donošenja boljih odluka brže u oblastima identifikacije i optimizacije vodećih jedinjenja.
Od toga vremena, oba pravopisna oblika su bila u upotrebi. Dok je termin heminformatika prilično ustaljen, Evropska Akademija je izabrala 2006. godine termin hemoinformatika. Skorašnje uspostavljanje heminformatičkog žurnala (engl. Journal of Cheminformatics) daje jak podsticaj kraćoj varijanti termina.